Ответ: Что посоветуете....
Установить Crop Box и Media Box так, чтобы скрылись ненужные тебе кресты и метки (чтобы они оказались за форматом).
Потом Remove Invisible Objects.
Первое можно сделать любыми средствами, какие нравятся, второе — PitStop-ом. Можно и одним проходом PitStop-овским Action-ом.
После этого масштабировать как тебе нужно, установить Crop и Media Box-ы в соответсвии с нужным форматом (всё тем же PitStop-ом), дальше всё как обычно.
Кроме того, Remove Invisible Objects не единственная команда в PitStop-е, которой можно добиться желаемого результата. Есть там, например, и Select Objects Outside Region (Media Box) и Remove Selection.
Если в этом твоём PDF-е определён Trim Box, и метки реза стоят именно по нему, то вместо Objects Outside Region (Media Box) можно воспользоваться Objects Outside Region (Trim Box).
Можно и ещё варианты придумать…