Ответ: Версия Quark`а - версия EPS
прозрачностей и прочей "мутни" в eps не существует, вместо них существует сведенная "flattened" версия, о чем кстати, предупреждает соответствующий пункт в диалоге сохранения. именно здесь стоит выставить правильные настройки с нужным качеством флэттенинга.
а кварк -- кварку все равно. из 4.11 епсы илюстратора cs2 нормально выводятся. жаль нет уже 3.32 под рукой, но, думается мне, и из него бы выводились без проблем