Ответ: Indesign CS5 в .epub
mediasta, тут есть кнопочка для спасибы. Пользйтесь.
Из пдф ничего путного не выходит - проверено на десятке программ. Основная проблема - потеря диакритических знаков (для польского языка), с русским (по отзывам, сам не пробовал) - вообще лажа. К тому же конечный результат зависти от способа верстки исходника. Ну и вся лишняя информация из пдф переходит в епаб. И нужно вручную убирать колонцифры, колонтитулы и прочую красоту. Рисунки, формулы, подписи, сноски - все смешивается в кашу.