Ответ: Проблема с экспортом в pdf и packag`ем
Спасибо за ссылки, но вроде это всё не про наш случай.
Происходит это с любым файлом.
Насчёт ОС - прошу прощения, просто решили, что это возможно не играет роли, тк ошибка стала появляться на 10.4.6 при использовании CS3, а теперь стоит 10.6 +...