Перестал понимать о чем тема.
Если клон запустился, то к программе меньше всего вопросов.
Хотите решения - покажите настройки Sata в биосе, напишите модель жесткого диска (может он с черепичной записью), проверьте выравнивание разделов программой Paragon Aligment Tool, замерьте скорость диска...