Как вариант, можно обойти function magicWandsampl. Делаете, например, прямоугольное выделение в нужной части документа, записывая его в экшен.
Координаты в экшене тоже сохраняются, не забудьте поставить нужные параметры (Пиксели или проценты...).
Потом , перейдя в magicWand tool, задаете нужные...