Ответ: Aladdin Ghostscript
Вряд-ли кто-нибудь активно использует GS для генерации PDF.
Про принципиальную разницу я ничего не знаю, а конкретный процесс, наверное, лучше всё-равно глазами контролировать. Открывать для контроля, наверное всё-же лучше в Reader'е. Я не знаю, есть в Reader'е...