Чтобы так именовать "листы", как вы хотите (сигнатура 1, лицо 1 оборот 1; лицо 2 оборот 2), вам нужен jdf-workflow. И Preps и Apogee прекрасно дружат с jdf. А в pdf-файле нет информации о сигнатурах и мультивебах, во всяком случае, Apogee ее не видит.