Они идут по порядку применения. Если у вас весь текст в одной Story, то порядок будет, как в тексте. Если текст помещен в разные Story (соответственно, в несвязанные фреймы), то порядок будет такой, как InDesign считает. А считает он в том порядке, в котором они создавались.