плоттеру как бы все едино - сколько у вас плашек и какого они цвета.
Он будет резать ту пленку, которую вы ему загрузите, по контурам, которые вы создадите вокруг нужных вам областей, причем сами плашки (области) ему не нужны.
Как вариант - для того пути, который вы избрали - перекрасить...