Для этого нужно перед запуском скрипта, не открывая никаких публикаций, зайти в Document Setup, выставить нужный формат и закрыть окно.
Скорее всего Индизайн нумерует файлы не добавляя нули. Т.е., page_1, page_10, page_100, а нужно page_001, page_010 и т.д. Это исправляется, например, в Bridge...