Видимо файлы изначально готовятся в картографическом софте, который ставит черный поверху по своему, т.е. OPM 0. А не пробовали выделить все объекты с черной заливкой (по признаку Select/Same...), потом снять overprint, а потом поставит родной в Illustrator'e? Ну и тоже самое с обводкой?