Ответ: Цветоделение
Чтобы не было разницы, существует много способов, вплоть до отключения ColorManagement...
Вот три ПДФ, слева плашка ИнДи 35%, справа картинка с такой же заливкой:
1 -- Composite Gray
2 -- Composite CMYK
3 -- Composite Leave Unchanged
Где разница?