Xnview прекрасно справляется с пакетным ресемплом. Причём можно задать, чтоб маленькие не трогал, а только большие уменьшал.
В шопе, думаю, без проблем можно скрипт написать в пару строк. И вроде даже есть такой в стандартной комплектации, в меню file кажись или edit (шопа нет, точнее сказать не...