Вопрос в том, как в дальнейшем будет использоваться изображение с прозрачным фоном. Если для web, то лучше сохранять как прозрачный GIF. Если для верстки и вывода на печать, то лучше сохранять как EPS с clipping path.
Вероятно, не удается не сделать прозрачным TIFF, (он поддерживает слои, а...