Ответ: Как склеить слои в indesign?
Как в фотошопе не получится. Поскольку pdf-страница в индизайне -- картинка, попробуйте вместо перекрытия "бумажкой" покропить ее, продублировав (если это будет нужно) необходимое кол-во раз. Т.е., буквально вырежьте лишнее. Хотя, не видя конкретной вашей...