Ответ: MathType и Indesign - решение проблем (FAQ)
Проверил Ваш тест у себя, аналогичный результат, причем как для wmf, так и для eps (кстати, Ваш скрипт MT-Convert конвертирует формулы обоих типов одновременно, хотя в диалоговом окне предлагает выбрать тип файла, выбрал wmf, обработался заодно...