Не будут простым поиском\заменой меняться пунктуация и сноски, потому что вот.
Скрипт, который там выложен, выполняет требуемое:
app.findGrepPreferences = null;
app.changeGrepPreferences = null;
app.findChangeGrepOptions.includeFootnotes = false;
var pattern = "[,;.]+~F"; // сюда добавить...