Обычно есть возможность несложно снять крышку (когда она сменная, например, глухая меняется на transparency-модуль), ну или распахнуть сканер на 180°. Сейчас под рукой Canon LiDE, там кнопочка специальная для распахивания.
Способ испытанный, правда не со стеклом, а со стендами и т.п.