Ответ: Сбежавшее пространство
Тогда надо загрузиться в какой-нибудь partition magic, system commander с функцией просмотра каталогов NTFS или иной какой изготовитель резервных копий, — и попробовать сверить размер папок там с тем, что говорит Проводник.
Кстати, а chkdsk /f что говорит? Вряд...