Ответ: пляшут страницы
Такое бывает. Частично лечится после установки патчей Васильева.
В ряде случаев спасает небольшое (на 0,1 п) уменьшение интерлиньяжа на тех полосах, где скачут сноски. Чтоб найти такие полосы, то после того, как скакнете в конец публикации, пролистните ее назад (Page Up).