Лет 15 назад пользователь, навечно забаненный на этом форуме;), подсказал остроумный способ сохранения альфа -канала в жопеге. Выкладываю сет экшенов, добавляйте в них свои условия. Переделывайте в скрипт, если надо.
Потери в цвете от преобразований будут, но, пожалуй, не критичные. Зато...