Ответ: GREP в InDesign. Что и как
Я бы ограничила запрос пределами абзаца:
^\u\u.+$
Потому что без границ \u\u.+ цепляет и те абзацы, где прописные буквы есть только посередине (например, аббревиатуры).
Update: запрос \u\u.+ пропускает абзацы, которые начинаются с одной буквы (с предлога, например).
Как вариант, можно пойти от противного и попросить Indesign найти все абзацы без строчных букв: ^[^\l]+$
Здесь засада в другом, если есть абзацы из одних цифр, запрос их тоже зацепит.
Также возможен вариант, при котором прописные буквы не набирались напрямую, а были сделаны с помощью настроек символа (иконка «TT», Ctrl + Shift + K). В таком случае достаточно запроса ^.+$ и выбора пункта «Все прописные» в формате.