Нет, нужно явно задать команду Save As... Это "факовый" вопрос, на самом деле.
То есть, когда вы обработали фотку вы должны ее записать на диск выполнив команду Save As... В этом случае в экшн запишутся все параметры сохранения: опции сжатия жпега и путь с именем файла. Если вы делаете Close и соглашаетесь сохранить, то в экшне фиксируется простая строчка: Close - Sving: yes. И никаких параметров сжатия жпега. Вот о них-то в процессе выполнения акшна вас и спрашивают.
Так вот, а для того чтобы предотвратить сохранение всех последующих фоток в один файл, имя которого зафиксировано в теле экшна, в диалоге пакетной обработки вы включаете галку [v] Override Action "Save As" Command. То есть, выбираете в качестве Destination - Folder, и включаете эту галку. В этом случае файлы будут сохранятся под своими именами в указанной папке, с заданными в процессе записи экшна параметрами сжатия.
Но, вообще-то, лучше пользоваться ява-скриптом, разобраться может быть и сложно, но зато получите власть над природой. Тем более что есть документация и примеры. Например, у вас есть по адресу: c:\Program Files\Adobe\Photoshop 7.0\Presets\Scripts - ApplyFilter. Вы можете открыть его блокнотом и посмотреть как оно устроено. Прочитав документацию добавить свой фильтр, тот убрать, свои пути и все такое. А затем, если не хотите туда добавлять интерактивности - запишите выполнение этого скрипта в экшн, экшн запускайте батчем выбрав в качестве дестинэйшн - None.