ИМХО, Camtasia действительно умеет хорошо захватывать экран, мышь и клавиатуру. Плюс она при этом требует мало ресурсов, если использует свой формат. И это всё что она умеет делать хорошо, если 30fps для вас достаточно. Всё остальное она делает посредственно или плохо.
Лучше сразу конвертировать из неё в нормальный редактор и там уже заканчивать проект.
Что касается вашего вопроса, то можно использовать Anatation. Например приложить сверху и совместить с Captions, а потом Captions убрать. Никто не заметит разницы.
А для чего вообще встроенные субтитры использовать? Или плеер не позволяет другие юзать?