Вопрос - чем добавляли колонтитулы в ПДФ?
Подозрение на Quite Imposing - вставленные этим плагином номера страниц и т.п. склонны к слёту, т.к. шрифт используемый при создании этих элементов плагином не внедряется.
В данном случае я вижу, что шрифт Ариел тайп 1 в исходном файле, стал неким Composit TT. Дело, насколько я понимаю, не в Тру Тайпе, а в композите. Композитный шрифт - насколько я знаю - имеет другую (расширенную) таблицу индексирования символов, вот всё и смешалось в доме Облонских. Кириллица ухнула. Как и почему произошло преобразование Ариел тайп 1 в Composit я, конечно, не знаю
Практически (если стоит задача создания колонтитулов средствами Акробата и доп. плагинов) можно попробовать задать при создании колонтитулов шрифт не используемый в основном наборе - видно что другие гарнитуры (болд и италик Ариела) не пострадали. И обязательно!!! проверить внедрённость шрифта и его обработку рипом.
P. S. Вообще же композитный шрифт - тема для отдельного топика. В рунете мне не посчастливилось найти развернутого объяснения что это, зачем и почему.