Прозрачность может быть на нескольких уровнях, каждый независим друг от друга:
Объект -> группа объектов -> группа групп (тут их может быть бесконечное множество) -> слой
Самый простой известный мне способ проверять их по порядку — выбрать group selection tool (белая стрелка с плюсиком)
Посмотреть вложение 143877 и клацнуть обект по обводке, при втором клике туда же он возьмет уже группу в который входит объект при третьем — 3й уровень организации и т.д.
Ну и смотрите при этом в панель appearance и глядите где появляется opacity.
Слой таким образом не выделится, но если у вас слой с прозрачностью (или другими эффектами), то круглешок рядом с ним будет отличаться от остальных
Посмотреть вложение 143878
Чтоб вообще посмотреть какие у вас объекты в макете прозрачные / затронуты прозрачностью — достаете панель window ->
flattener preview.
Кстати, если у вас объект входит в прозрачную группу — появится вот такая хрень, можно клацнуть и на нее
Посмотреть вложение 143879