Ответ: GREP в InDesign. Что и как
Для инициалов и фамилий можно использовать 2 замены подряд.
1. Find "\u\. "; Replace "$0~S".
2. Find " ~S"; Replacе "~S".
Можно сохранить, к примеру, как "инициалы 1" и "инициалы 2".
Возможно есть более красивое решение, было бы интересно посмотреть.