Так может просто в настройках Индизайна активировать чекбокс Использовать типографские кавычки, чтобы не приходилось использовать Поиск/Замену (которая при отключенном чекбоксе всё равно, если мне не изменяет память не поможет)? Ну и в установках словаря в настройках проверить, какие указаны двойные кавычки для языка.