Ответ: FrameMaker 10 — и всё же Adobe не убила проект на корню...
SINL, в последнее время я (моя сотрудница) как раз верстает только научные книги для экономического университета (выиграл тендер). В некоторых развитая иерархия позаголовков. Не пойму, ЧТО именно я делаю в ИД медленно? Определили стили - и вуаля! Время занимает не это - а выгонка текста (висячие строки), таблицы, формулы и схемы. Что толку, что весь текст заверстается потоком? Ну, вместо 15 минут потрачено будет 60 на это. Все трудоемкое ФМ не ускорит.
Что касается работающих ссылок в ПДФ - в ИД это делается элементарно, быстро и удобно.