Ответ: Где хранить путь к файлам?
Вы имеете в виду хранение между отдельными запусками?
Как у всех в *.ini файле, в реестре, в базе данных связанной с программой, придумать что-то своё, где угодно. Можно организовать подобие MRU на несколько записей.