Gradient map задуман для раскрашивания ч\б изображений, причем отправная точка градиента раскрашивает тени, переход ко второй - midtones а конечная - highlights. если Вы хотите оставить определенные тона незатронутыми, то просто укажите в спектре цвет ч\б, соответствующий изначальному grayscale.
Зачем вам transparency?