Всё очень просто.
0. Создаёте в Excel список вида 1\r2\r и так далее до скажем, 999 (или сколько у вас там страниц задумано).
1. Создаёте в InDesign документ с Primary Text Frame.
2. Заходите на мастер-страницу. Двигаете границы этого фрейма (или фреймов, если документ идёт разворотами) так, чтобы он стоял на том месте, где будет ваша колонцифра.
2а. Делаете на новом слое окошко для колонцифры, в которое помещаете символ Current Page Number. Это для контроля.
3. Помещаете в документ InDesign текстовую колбасу из номеров страниц, разделённых абзацами, которую создали в п.0 (можно просто скопировать и вставить). Её надо запустить в нашу цепочку фреймов под колонцифру.
4. Создаёте стиль абзаца, где будут grep-ом разукрашены цифры от первой до последней. Применяете его ко всей колбасе.
5. Опять заходите на мастер-страницу, отнимаете у окошек под колонцифру право зваться Primary и создаёте уже нормальные окна под текст - им теперь это свойство можно присвоить.
5а. Эту заготовку с "номерами" можете сохранить отдельно про запас - если нумерация страниц собьётся, туда будет проще залить. А контролировать - см. п. 2а