Ответ: Групповое помещение файлов.
Я не буду уточнять. Итак, рецепт.
Открываем в Иллюстраторе публикацию (или создаём новую). В соседнем окне Windows открываем список файлов. Выбираем и перетаскиваем их на рабочий документ в Иллюстраторе. В итоге линкуются все файлы с известными экстеншенами. Но! Все они помещаются в левый верхний угол листа. При этом EPS редактированию они не подлежат до момента, когда будет сделан Embed link. Могут возникнуть проблемы при размещении многостраничных PDF - по дефолту будет выбрана 1-я страница и Trim-Box (точнее - выбранный при последнем импорте PDF). Размеры файлов будут соответствовать их физическим размерам (разрешения растровых файлов будут такими же, какими их видно в Шопе).
В общем, ожидайте проблем с линковкой тех файлов, для которых нужно делать выбор параметров во время операции Place.