Ответ: Help! подскажите где ошибка
Потому, что EPS и PostScript — практически одно и тоже. Ни тот, не другой прозрачностей не поддерживают в принципе.
Всё, что каком-либо программе делается с примененим прозрачностей, при записи PS/EPS и PDF до версии 1.3 включительно подвергается «сплющиванию».
В AI-шном EPS-е есть AI-шные метаданные, понятные только AI, потому и «есть» в нём прозрачности. Но для любой другой программы, в том числе и для InD, это такой же EPS, как любой другой.
PDF версии 1.4 и выше и PDF-данные, записываемые в AI-файл «с PDF-совместимостью», прозрачности поддерживают и содержат, если они есть в макете. И InD эти прозрачности корректно понимает при помещении в него этих файлов. Потому помогла замена линкованных EPS-ов на линкованные AI.
И вообще, показанный пример легко воспроизводится одними только InD-шными средствами без помощи AI и линкования каких угодно файлов.
И ещё одно «вообще»: вопрос FAQ-овый.
…Бабушки всё падали и падали…