Ответ: illustrator: eps, ps или ai?
При «постановке его в индизайн» разница в том, что InD-шный Application Build-in Trapping не обрабатывает содержимое EPS-ов, в то время, как содержимое AI- и PDF-файлов обрабытывает.
Более разницы, кроме размеров самих файлов, вроде бы нет.