после экспортирует по одной
Я так понял, что не устраивает постраничный экспорт. А чем тогда стандартный индезовский экспорт не угодил? Есть конечно подозрение, что имеется на входе 100500 пдфок, в которые надо что-то вкорячить на стандартные места, а потом их выкинуть обратно в многостраничном варианте, приделав к имени файла какой-то индекс. Но в таком варианте найти скрипт по пакетной обработке нереально.
Это ж надо,
указать папку из которой импортировать на конкретный шаблон
+задать параметры импорта (с позиционированием)
+экспорт в многостраничный пдф (с индексом в имени)
+ шаблон закрыть без сохранения и отрыть снова
При этом, указать путь к шаблону и вести список отработанных пдф-файлов.
Вот тогда можно, нажав "волшебную кнопку", идти пить-курить, а иначе всё равно клаву топтать придется.