Ответ: InDesign 2 и 3(CS) кодировка техкта
Русские переносы и орфографию лучше поставить из Acrobat 6 (лежат в C:\Program Files\Common Files\Adobe\Spelling\ и C:\Program Files\Common Files\Adobe\Hyphenation\. После этого даже проверка орфографии начинает работать нормально.
Ваша проблема скорее в шрифтах (CS более капризен, чем 2).
Переконвертируйте из с помощью FontLab или, что проще, TransTupe 2.0 (demo на сайте fontlab.com, а лекарство ищите сами (наводка- вторую таблетку ищи на ftp).