Но, как всегда, существует и нативный метод решения подобных задач. тут чуть сложнее и для каждого действия свой способ:
Navigation Tab (Вкладка навигации):
Ищем в PDF файле текстовую строку /PageMode
Если ее нет, значит все хорошо, а если есть, то смотрим следующий за ней ключ: /UseOutlines и т.д. Для того чтобы вернуть значение Page Only , надо вместо него поставить /UseNone
Page Layout (Режим просмотра):
Ищем строку /PageLayout и следующий за ней ключ (/SinglePage, /OneColumn ...) забиваем эти два ключа пробелами и все в шоколаде.
Magnification(Масштаб):
Тут чуть сложнее, придется убирать целый объект. Ищем строку /D[ и все операторы в квадратных скобках забиваем пробелами до закрывающей скобки ]
Масштаб возвращается к дефолтному, все счастливы.
Я вовсе не уверен, что вышеописанное будет справедливо для всех версий акробатов и PDF, но у меня работает, проверял.