Ответ: Как сделать файл PS с сохранением закладок и ссылок?
Насколько я помню PostScript, интерактивные элементы в нем не определены. Нельзя, в общем, ссылки и букмарки в PS оставить.
Когда я сталкивался с похожей на вашу проблемой, то делал два PDF: один, версии 1.3 через дистиллер, другой — прямым экспортом в 1.4. И потом просто заменял страницы в файле 1.4 на страницы 1.3.
Но у меня ссылок не было... Видимо, их придется делать вручную.
А проще — сожмите ваш большой PDF в архив.