Ответ: Как сделать корректно прозрачность в ImageReady
Все беды от того, что гиф хранит только полностью прозрачные или непрозрачные пиксели, к полупрозрачным подмешивает некий цвет фона - matte.
вариант 1. При работе с прозрачным слоем убедится, что отсутствуют полупрозрачные пиксели и ненужные цвета (пройтись карандашиком). Недостаток - могут быть заметны зубчики.
вариант 2. При сохранении Save for web задать цвет фона matte близкий к тому где он будет жить - в вашем случае черный. Недостаток - на светлом фоне будет похожая ситуация как у вас.