Ответ: Как сделать включенные линейки по умолчанию?
Чтобы его записать (Adobe Illustrator Startup_CMYK.ai) надо не только включить линейки но и изменить что-то в файле, например свотч (цвет новый в палитру) добавить, тогда можно будет и Command+S жать.