Если я правильно понял задачу, то нужно на чётные полосы поместить страницы из файла pdf1, а на нечётные - из pdf2?
Тогда можно так:
1) создаём Документ1; в него скриптом
MultiPageImporter помещаем страницы из pdf1;
2) создаём Документ2; в него тем же скриптом помещаем страницы из pdf2;
3) оба документа должны быть открыты и сохранены;
4) запускаем скрипт
отсюда - он создаёт Документ3, в котором страницы Документа1 и Документа2 чередуются
(в теме по ссылке есть ещё один альтернативный скрипт для той же задачи);
5) в параметрах Документа3 надо включить развороты и задать чётный номер 1-й полосы.