Ответ: какой версии EPS необходим
Как таковых прозрачностей EPS не содержит. Он содержит растровые имитации, специальным образом подрезанные масками. Масками могут быть даже шрифты, прошедшие векторизацию при сохранении ЕПС. Там же присутствуют и векторные объекты. Т.е. получаются эффекты примерно так, как это делает Шоп. Не стоит забывать о сохранении оверпринтнов при размещении спотовых красок. Об оверпринтах вообще вредно забывать - иногда ошибки могут стоить слишком дорого.
Иллюстратор записывает первоначальную информацию в комментарии, которые не прочитывают другие программы. Но это позволяет восстановить первоначальную сцену, если файл не пересохранялся в более старых версиях.
Версия CS2 подойдёт. 10-ю не рекомендую - в ней была ошибка при указании максимального crop-box, из-за чего "кругляши", расположенные у краёв макета, срезались.
8-я версия позволяла сохранять линкованную графику (я начал изучение Иллюстратора с неё). Посмотрите внимательнее в меню - там, где выбирается версия EPS и указания по поводу совместимости с PDF и вставке шрифтов и Thumbnails. При этом ЕПС с размещёнными линками будет больше (в мегабайтах), чем ЕПС с неразмещённой внутри графикой. Размещать можно не только растровые, но и векторные файлы.
Ушло в ЛС.