Делаю прямо в Индизе, если график со столбцами, высоту задаю в миллиметрах, тут главное пропорции.
Круговые диаграммы делаю в Илле, потом копи-пэйст в Индиз.
Почему все в Индизе? Да потому что этим достигается стилевое единство с версткой, и проще работается если придется диаграммы масштабировать.