Возможно, я не очень понятно объяснил суть проблемы. Итак, по пунктам:
1. Создаём новый документ, с заранее выбранными единицами измерения не миллиметры, а пиксели, т.е., например 3000×3000 пикселей. Разрешение (dpi) не имеет значения т.к. документ изначально задан в пикселях.
2. В этом документе создаём квадрат 3000×3000 пикселей, лежащий ровно строго на листе. Обводка = 0, цвет любой.
3. В этом документе создаем квадрат 1000×1000 пикселей. Обводка = 0, цвет любой.
4. Экспортируем первый квадрат в JPG, и на выходе получаем файл JPG размером строго 3000×3000 пикселей.
5. Экспортируем второй квадрат в JPG, и на выходе получаем файл JPG размеров 1000×1001 пикселей.
6. И самое главное))) Я разобрался в чём дело. Второй квадрат верхним краем (а следовательно, и нижним) лежал по середине пикселя (это видно при режиме отображения Pixels). Однако если включить привязку к пикселям и сдвинуть квадрат строго в координаты пикселей, но всё нормально, т.е. 1000×1000 пикселей на выходе в JPG.
Так что ветку можно закрыть, а если кому понадобится, почитает.