Подобного рода волшебные чудеса образуются следующим образом: для ускорения работы, дабы каждый раз не пересчитывать геометрические размеры обьекта по довольно сложным математическим формулам, у каждого обьекта (а так же их групп, компаундов и т д), помимо реальных размеров хранятся всевозможные ограничительные боксы, которые при каждой операции с обьектом пересчитываются весьма условно. При длительных действиях без полного пересчета боксов (особенно при работе разных экзотических плагинов) расхождение может накапливаться.
С другой стороны, а что такое тысячные пункта - микроны?