Ответ: Настройки PDF
Ну так по логике вещей и должно быть. Насколько смутно я себе представляю логику работы сигны, но, IMHO, она вставляет исходные PDF в результирующий файл "как есть", соответственно, и версия результирующего файла будет, как у самого свежего из исходных PDF. Отсюда мораль - или до спуска PDF акробатом приводить к одной версии или уже спущенные.