Из самых простых вариантов - только оптимизация PDF в акробате.
Честно говоря, не понимаю, почему все советуют открывать такие файлы через оптимизацию, когда при этом исходные картинки, встроенные в иллюстрацию (верстку) уже не будут исходными, а станут "оптимизированными" и пережатыми оптимизатором вторично, а это не всегда идет на пользу конечному продукту при допечатке. Хотя, такой способ пожалуй можно позволить, если избавиться от перфекционизма и позволить несколько ухудшить качество исходных файлов, которое на качество продукта не окажет влияния. Вероятно, тем более будет оправдан, когда таких файлов будет не просто много, а очень много.
Единственный способ сохранения качества растра (из собственного опыта при работе с упаковкой и этикеткой) в Illustrator, это только через Corel, так как другие способы совершают со встроенным растром хоть какие-то, но изменения. Из открытого в Corel PDF экспортируются растровые картинки в формате *.psd, затем переименовываются согласно их названиям в палитре Links. Это, конечно, заморочный способ, тем более, если файлов достаточно много, однако такой способ позволяет вытащить файлы с их "авторским" разрешением, как минимум.
прим. Эта особенность была всегда и до сих пор вызывает некоторые затруднения. Все дело в том, что в Illustrator картинку можно оставить просто прилинкованной, а можно сделать действие Embed, которое грозит сложностями дальнейшей работы с файлом растра. В последних версиях появилась возможность такие файлы вытащить уже в самой программе - Unembed. Поэтому, если дальнейших правок в файле не предвидится, то и проблемы не будет в любом случае, однако файл при Embed становится во много раз увесистее (а в то же время, на вывод и печать можно послать оба файла.).
Если не прав - поправьте, возможно чего-то не знаю.