Создаёте новый абзацный стиль. В параметрах стиля в нумерованном списке создаёте новый список (List), где указываете, что нумерация может продолжаться в новом материале (Story). Этот список делаете здесь активным, остальные параметры — по вкусу.
На шаблоне создаёте текстовый фрейм в том месте, где будет нумерация. Ставите в нём пробел и назначаете только что созданный абзацный стиль.
На каждой странице "достаёте" этот фрейм (Shift-Ctrl-lmb) с шаблона.